Izgudrotājam bijusi arī ideja par kuģiem, kas varētu ceļot zem ūdens, un pat ieskicēja šāda veida kuģu dizainus.
Kuģi, kas pārvietotos zem ūdens
Saprotot, cik bīstams šis izgudrojums varētu būt nepareizajās rokās (jo šādu kuģi varēja izmantot, lai slepeni nogremdētu citu kuģi), da Vinči savus primitīvos zemūdens dizainparaugus turēja noslēpumā "to cilvēku ļaunā rakstura dēļ, kuri praktizē slepkavības jūrā."