Kamēr ērces vēl nav pārāk aktīvas, ieteicama ir parastā vakcinācijas shēma, kas ietver trīs vakcīnas devas. 1 - 3 mēnešus pēc pirmās devas tiek ievadīta otrā vakcīnas deva, kas nodrošina imunitāti vienai sezonai. Trešo devu ievada pēc 6 - 12 mēnešiem, bet ik pēc 3-5 gadiem ir jāveic revakcinācija imunitātes saglabāšanai.
Vakcinācijas centrā Vācijā ražotā vakcīna Encepur pieaugušajiem maksā 28,80 eiro, bērniem - 28,50, bet Austrijā ražotā vakcīna Ticovax pieaugušajiem - 34 eiro, bet bērniem - 29 eiro. Jāatceras, ka bērnus pret ērču encefalītu var vakcinēt no viena gada vecuma.
Lai izvairītos no ērču pārnēsātām slimībām, liela nozīme ir arī citiem profilakses pasākumiem, piemēram, dodoties mežā, jāvelk sargājošs apģērbs, kas neļauj ērcēm piesūkties. Pēc Slimību profilakses un kontroles centra datiem, pēdējo desmit gadu laikā ar ērču encefalītu Latvijā saslimuši vairāk kā 2700 cilvēki, bet 19 cilvēki miruši.